1651年(清順治八年)- 1652年(清順治九年),清政府撥銀九萬兩,在遼代蕭太后燕京行宮的基礎(chǔ)上改建為西黃寺,供五世達(dá)賴?yán)镌诰v錫之用。
1653年(清順治十年),五世達(dá)賴?yán)镉P見順治皇帝,駐錫西黃寺。
1723年(清雍正元年),一世哲布尊丹巴呼圖克圖重修西黃寺所造三世佛像、八大菩薩像。